Neben Zoll- und Außenprüfungen kann der Zoll eine Außenwirtschaftsprüfung durchführen. Wesentlicher Inhalt der Außenwirtschaftsprüfungen ist die Einhaltung der Regelungen des Exportkontrollrechts. Kontrolliert wird ob bestehende Verbote und Genehmigungspflichten beachtet wurden. Prüfungsschwerpunkte sind der Güterverkehr (Waren als auch Dienstleitungen) mit Embargoländern. Verbote und Genehmigungspflichten, die im Handel mit sanktionierten Ländern einzuhalten sind, werden ebenso geprüft, wie die Genehmigungspflichten bei Ausfuhren und Verbringungen gelisteter Güter. Der Prüfer kontrolliert nicht nur den Güterverkehr, sondern auch die Einhaltung bestehender mittelbarer oder unmittelbarer Bereitstellungsverbote gegenüber gelisteten Personen und Organisationen. Zudem wird gegengeprüft, ob alle Codierungen bei der Ausfuhrzollerklärung richtig eingesetzt wurden. Auch der alleinige Technologietransfer kann strafbar sein, wenn die außenwirtschaftsrechtlichen Bestimmungen nicht eingehalten werden. Oft vergessen werden auch die Meldepflichten im Zahlungsverkehr.
Verstöße gegen das Exportkontrollrecht können nicht nur als Ordnungswidrigkeit, sondern auch mit dem Strafrecht geahndet werden - es muss unterschieden werden zwischen Arbeits-, Struktur-, leichtsinnigen oder vorsätzlichen Fehlern. In der Haftung steht immer die Geschäftsführung.