Ob und wie oft Unternehmen einer nachträglichen Zoll-Betriebsprüfung unterzogen werden, ist von verschiedenen, sogenannten „Risikofaktoren“ abhängig, wie z.B. prüfungsrelevante Ware, jährliches Abgabevolumen, Verjährungsfristen, Verdacht auf eine nicht ordnungsgemäße Besteuerung etc. Ebenso treten im Zuge der veränderten internationalen Sicherheitslage die Auditierungen zur Erlangung des AEO F-Zertifikates oder der Zulassung zum „Bekannter Versender“ für international agierende Wirtschaftsunternehmen immer stärker in den Vordergrund, um sich Wettbewerbs- und/oder Logistikvorteile zu sichern.
Seit der Einführung des elektronischen Zollabfertigungssystems ATLAS ist die Zollverwaltung optimal in der Lage dank einer so noch nie da gewesenen Unternehmenstransparenz („gläserner Zollbeteiligter“), gezielte und genau definierte Prüfungen in den Wirtschaftsunternehmen durchzuführen.